S. Freud is felvetette Mózes egyiptomi származásának gondolatát. A héber Mosé név annyit tesz: "a vízből kihúzott", azonban igen kétséges, hogy egy egyiptomi királylány zsidó eredetű nevet adjon a talált csecsemőnek. Az egyiptomi nyelvben a "Mose" szó, amely gyermeket jelent, rövidített formája az "Amon-mose", azaz "Amon-gyermek", vagy "Amon által adott gyermek" kifejezéseknek. Ilyen elven a "Tut-mose" (Thotmesz) és a "Ra-mose" (Ramszesz) nevek is hasonló szókapcsolatokból eredhetnek. Levonható-e ebből az a következtetés, hogy a zsidó nép vezére maga is egyiptomi lett volna?

"De mi indíthatott volna arra egy előkelő egyiptomit - talán királyfit, papot vagy magas állású tisztviselőt -, hogy egy bevándorolt, alacsonyabb kultúrájú idegen embercsoport élére álljon, és velük az országot elhagyja?" - teszi fel a csöppet sem költői kérdést Freud. Mózes ugyanis az Egyiptomban letelepedett zsidóságnak nemcsak politikai vezére volt, hanem törvényhozója és vallásalapítója is egyben. Ez az új hit csak egy istent ismer el, aki mindenható, megközelíthetetlen; látását nem viseli el az ember, nem szabad róla képet készíteni, még a nevét sem kimondani.

Az egyiptomi vallásban a különböző eredetű és hatalmú istenségek egész seregével találkozunk, legtöbbjük a helyi kultuszból származik, abból az időből, amikor az ország számos tartományra tagolódott. Az Új Birodalom virágkorában Théba város főistenét Amon-Rének hívják, amely összetételben az első rész a kosfejű városistent jelenti, míg Ré az Onból (Héliopolisz héber neve; az ókori Alsó-Egyiptom politikai és vallási központja; az Aton- és Ré-kultusz innen indult el) való, karvalyfejű napisten neve. Lehetséges, hogy a monoteizmus, amit Mózes a zsidóságnak adott, mégis az ő saját vallása volt, ha nem is az egyiptomi, de mégis egy az egyiptomi vallások közül.

A dicsőséges tizennyolcadik dinasztia uralkodása idején, amely alatt Egyiptom világbirodalom lett, Kr.e. 1370 táján egy fiatal fáraó került a trónra, akit előbb apja nyomán IV. Amenhotepnek hívtak, később azonban nevet változtatott. Ez a király - tudomásunk szerint elsőként az írott történelemben - megkísérelte a monoteizmus bevezetését az évezredes hagyományokkal szemben; intézkedésével megszületett a vallási türelmetlenség is. Amenhotep (Ehnaton) sohasem tagadta meg On napisten kultuszát; az Atonhoz írt két himnuszában, melyeket a sziklasírok feliratai őriztek meg számunkra, olyan bensőségesen dicsőíti a Napot, minden élőlény teremtőjét és fenntartóját, amilyen érzéssel csak több évszázaddal később, a Jahve tiszteletére írt zsoltárokban találkozhatunk. Feltűnőek tartalmi hasonlóságai a 104. zsoltárhoz:

Vessük össze Ehnaton (IV. Amenhotep) naphimnuszának néhány részletét a 104. zsoltár válogatott verseivel:

…Megjelensz szépségesen az ég látóhatárán, te élő nap, aki legelőször éltél!
2a Fenségbe és ékességbe öltöztél, a fényességet, mint köntöst vetted magadra.

Feljössz a keleti látóhatáron, szépségeddel betöltesz minden országot. Szép vagy, nagy vagy,
2b Kifeszíted az égboltozatot, mint a sátor-ponyvát, 3 és az égi vizek fölé építed hajlékodat. …szelek szárnyain jársz.

magasan ragyogsz minden ország fölött. Sugaraid átölelik az országokat, a legtávolabbi határáig mindannak, amit teremtettél…
1 …Uram, és Istenem, te mindennél magasztosabb vagy! 5 Biztos alapra állítottad a földet, hogy meg ne inogjon sohasem.

Ha lemégy a nyugati látóhatáron, a föld sötét lesz, mint a halál, (az emberek) szobáikban pihennek betakart fejjel, egyikük szeme nem látja a másikat, ellophatják tőlük észrevétlenül a fejük alá tett holmijukat.
20 Sötétséget rendelsz és leszáll az éjszaka: ebben mozognak az erdő vadjai,

Az oroszlánok előjönnek barlangjukból és harapnak a kígyók. Sötétség uralkodik és hallgat a föld, mert teremtőjük pihenni tért a látóhatár alá.
21 prédáért ordítanak az oroszlánkölykök, s eledelt kérnek maguknak Istentől.

Világos lesz a földön, ha újra feltűnsz a látóhatáron és mint a nap ragyogsz egész nap. Tovatűnik a sötétség, ha megjelennek sugaraid, és örül a két ország. (Felső- és Alsó-Egyiptom)
22 Ha felkél a nap, összegyűlnek, nyugalomra térnek tanyájukon.

(Az emberek) fölébrednek, lábukra állnak, mert te fölkelted őket. Megmosakszanak és felöltöznek, (kitárt) karral magasztalnak téged, ki előtűntél, és az egész földön végzi mindenki a maga munkáját.
23 Az ember kimegy dolgozni, és munkáját végzi egészen estig.

Minden állat elégedett azzal, amit legelhet, a fák és a növények zöldellnek, a madarak fölrepülnek fészkükről, szárnyaik téged dicsérnek. A vadállatok ugrálnak, a madarak repdesnek mindnyájan; élnek, mert te feltűntél előttük.
14 Füvet sarjasztasz az állatoknak, és növényeket az ember szolgálatára… 16 Jóllaknak az Úr fái… 17 fészket raknak rajtuk a verebek, és fölöttük tanyázik a gólya. 18 A magas hegyek a szarvasok, a szirtek a borzok menedéke.

A hajók fel és alá járnak a folyón, minden út járható, mert te előtűntél. A folyó halai ugrálnak előtted, mert sugaraid a tenger mélyére is lehatolnak…
26 Itt hajók szelik át, amott a Leviatán, melyet arra alkottál, hogy játékát űzze benne. 25 Itt a tenger: nagy és tágas, nyüzsög benne a számtalan hüllő, apró és nagy állat egyaránt.

Mily számtalanok a te műveid: az ember előtt rejtve vannak, ó egyetlen isten, akin kívül nincs több!
24a Uram, milyen nagyok a te műveid! Bölcsességgel teremtetted valamennyit,

Te teremtetted tetszésed szerint a földet, te egyedül, az embereket, a nyájakat és mindenféle állatot, mindent, ami lábain jár a földön és mindent, ami a magasban röpköd szárnyaival,
24b és alkotásaid betöltötték a földet. 10 A forrásokat a völgyekbe ereszted… 11 Belőlük iszik a mező minden vadja, s oltják szomjukat a vadszamarak. 12 Fölöttük tanyáznak az égi madarak, és az ágak közt hallatják hangjukat.

Szíria és Núbia hegyvidékét és Egyiptom síkságát.
13 Hajlékodból öntözöd a hegyeket, és műveid gyümölcséből táplálod a földet.

Te mindenkit a maga helyére állítottál, megteremtettél mindent, amire szükségük van, mindenkinek megvan a tápláléka
27 Mindezek tőled várják, hogy idejében megadd nekik eledelüket. 28 Ha adsz nekik, felszedik, ha megnyitod kezedet, jóllaknak javaiddal.

és ki van mérve az életkora.
29 …ha lélegzetüket megvonod, elenyésznek, és porrá lesznek ismét.

És egy jelentős különbség a végére:

Az emberek nyelve különbözőképpen beszél, különböző az alkatuk, a bőrük színe is más-más: így különböztetted meg egymástól a népeket! …
35 Vesszenek el a bűnösök a földről, és ne legyenek többé az istentelenek!

Ahogy az később Nagy Péter cár vagy Kemál Atatürk esetében történt, a fáraó elhatározta, hogy új fővárost alapít, távol a hagyományok védelmezőitől, olyan lakók számára, akik benne látták érvényesülésük biztosítóját. Ezt a várost Memphisz és Théba között félúton, a mai Tell-el-Amarna nevű falu mellett kezdte el építeni; olyan helyen, ahol a sziklák, amelyek a sírok építésére is szolgáltak, a Nílustól keletre feküdtek. Ez is egyfajta szakítás volt a hagyománnyal, hiszen a holtak birodalma a nyugati parton volt. Aton Horizontja (Ahet-Aton) lett az új város neve.

Amon papjainak ellenkezése annyira kiéleződött, hogy a király megváltoztatta a nevét is, Ehnatonnak ("az elégedett isten") hívatta magát. Az Aton vallás nem lehetett népszerű, valószínűleg a királyra és szűk körére korlátozódott csupán. Homályos körülmények közötti halála után vejét, Tutankatont kényszerítették, hogy térjen vissza Thébába, és nevében az Aton istennevet Amonnal cserélje fel. Az Aton vallást megdöntötték, székhelyét feldúlták és kifosztották. Ehnaton uralkodása csupán tizenhét évig tartott, halála után az "eretnek fáraó" emlékét is megvetéssel sújtották.

Az Aton-vallásból hiányzott minden mitikus, mágikus és varázslatos elem. Ehnaton tudni sem akart a pokolról, melynek borzalmai ellen varázsigékkel kell védekeznie az embernek. "Tűzre vetett minden varázslatot; dzsinnek, szellemek, kísértetet, szörnyek, félistenek és maga Ozirisz, a halottak istene, teljes udvartartásával egyetemben máglyára került, és a lángokban hamuvá lett." Nem engedett faragott képet készíteni Atonnak.
Ha Mózes egyiptomi volt, és ha saját vallását adta a zsidóknak, akkor ez csakis az Aton-vallás lehetett. Az egyiptomi Aton (vagy Atum) név nemcsak véletlenül hasonlít hangzásában a héber Adonáj és a szíriai Adonisz istennevekhez, hanem ősidőktől való nyelvi és értelmi közösség folytán. A héber hitvallás, a Smá Jiszrael így is fordítható: Halljad Izrael, a mi istenünk Aton, egyetlenegy.

A szigorú monoteizmus hasonlósága mellett így könnyebben érthető az a rejtély, hogy a zsidó vallás miért nem akart tudni a túlvilágról és a halál utáni életről, noha ez az egyistenhittel összeegyeztethető lett volna. Hérodotosz közli azt a tényt, hogy a körülmetélés szokása Egyiptomban már régóta honos volt, és adatait a múmiák, valamint a falakon és a sírokban talált ábrázolások is megerősítik. Ha továbbra is feltételezzük, hogy Mózes magas állású férfi volt (a királyi család tagja), Ehnaton környezetében élve meggyőződéses híve lehetett az új vallásnak. A király halála után és a reakció megszilárdulásával reményei és kilátásai megsemmisültek. Ha nem akarta megtagadni hitét, el kellett hagynia Egyiptomot. Ebben a kényszerhelyzetben egy rendkívüli megoldást talált: új birodalmat alapítani egy új nép közreműködésével, akiket megajándékozott az Egyiptomban meggyalázott vallással. A zsidó nép élére állt és megszervezte kivonulásukat.

E felfogás alapján az egyiptomi kivonulás a Kr.e. 1358 és 1350 közötti időszakban történhetett, mielőtt az interregnumokban szokásos anarchia után Horemheb visszaállította volna az államhatalmat. Hérodotosz, aki Kr.e. 450-ben Egyiptomban járt, úti beszámolójában sok olyan elemet közöl az egyiptomiakról, amelyek meglepő hasonlóságot mutatnak a későbbi zsidósággal:
"Általában minden tekintetben jámborabbak, mint a többi emberek, akiktől már csak némely szokásuk folytán is elkülönülnek. Így például a körülmetélés révén is, amelyet ők vezettek be elsőnek, éspedig tisztasági okokból. Továbbá a disznóktól való irtózásukkal, ami bizonyára avval függ össze, hogy Sét egy fekete disznó alakjában sebezte meg Horuszt… Ezért egy egyiptomi férfi vagy nő sohasem csókolna meg egy görögöt. Nem használná kését, nyársát vagy üstjét, vagy nem ennék a különben tiszta ökörnek a húsából, ha azt görög késsel vágták le… Gőgös korlátoltsággal néznek le a többi népekre, amelyek tisztátalanok, s nem állnak olyan közel az istenekhez, mint ők."