A III. és IV. század teológusai által terjesztett, de nem bebizonyított álláspont, nagy népszerűségnek örvendett a XIX. században, sok tévhitet és egy bizonyosfajta megvetést okozott annak, aki egyike volt Krisztus főapostolainak. Ugyanezt a tényt arra használták még fel, hogy ezt a női Apostolt az egyházi hatalom szélére szorítsák. Jusson eszünkbe, hogy az egyház mindig félretolta és kiközösítette a nőt, különösen, amikor a hatalom szférájáról van szó, melyhez soha sem volt hozzáférése, még akkor sem, ha tudjuk, hogy Jézus közvetlen követői között éppúgy voltak férfiak, mint nők, és Ő nem tett különleges megkülönböztetést egyik vagy másik között.

Péter Evangéliuma Mária Magdolnának csak Jézus feltámadásának tanújaként játszott szerepéről tesz említést:

Az Úr napjának reggelén, Magdalai Mária, az Úr követője, a zsidóktól való félelmében, mivel azokban harag lángolt, nem tette meg az Úr sírjánál, amit az asszonyok szoktak elvégezni halott szeretteikért; magával hívta barátnőit és elment a sírhoz, melyben Ő feküdt.

Legalább két kopt nyelven írt, Nag Hammadi-nál talált gnosztikus szövegben, Tamás és Fülöp Evangéliumaiban, Mária Magdolnára úgy hivatkoznak, mint Jézus közeli követőjére, az Apostolokéval hasonló, közeli kapcsolatra. Tamás Evangéliuma két említést is tesz Mariham-ról, (21. és 114. logion), melyek a tudósok szerint Mária Magdolnára vonatkoznak. A második említés egy olyan részlethez tartozik, mely nagyon sokféle értelmezést kapott már:

Simon Péter mondta nekik: Bárcsak távozna Mária közülünk, mert az asszonyok nem méltóak az életre!” „Jézus mondta: Íme, én biztatni fogom őt, hogy férfiúvá teszem; hogy ő is élő szellemmé legyen, amely hozzátok, férfiakhoz hasonlít. Mert minden asszony, aki férfiúvá lesz, be fog menni a mennyek királyságába.

Ez a szöveg, a kortárs gnózis megvilágításában nagyon kifejező, még akkor is, ha a történelem sokszor szó szerint értelmezte.

Fülöp Evangéliumában (32. log.) Jézus társának (κοινωνος) tekintik:

Hárman voltak (akik) folyton az Úrral mentek: az édesanyja, Mária, anyja nővére, és Magdaléna, akit hitvesének hívtak (κοινωνος). A nővére (az Úré), az anyja és a hitvese neve ugyancsak Mária volt.

Ez úgyszintén világosan kiderül egy másik, nem kevésbé fontos szövegből, amely a „Pistis Sophia”, ahol ki van emelve Mária Magdolna fontossága az Apostolok csoportjában. A Pistis Sophiát Valentiniánusz írásának tartják, aki kiváló és merész kutatója volt az Igazságnak, aki mert felkelni a Katolikus Egyház főpapi dogmái ellen; amely már azokban az időkben elkezdte ( Kr.u. I. -II. század) az erős egyházi ortodoxia gyártását, melynek célja a valódi őskeresztényeknek, akik a Jézus által hagyott Gnózist fogadták el, a játszmából való kihagyása volt. Sok teológus kétségkívül állítja, hogy «A II. század közepén, és a III. század elején Valentiniánusz tanítása volt a legerősebb, és az Egyháztól elváltak közé tartozott, irodalma meghaladva magát az Egyházat».

Végül pedig, fontos említést találunk erre a szereplőre, Mária Magdolna Evangéliumában, amelyből azonban csak két görög részlet maradt fenn. Egy a III. századból, és egy másik, hosszabb, kopt nyelvű szöveg, az V. századból. A szövegben a három Apostol vitatkozik Mária Magdolnának Jézusról való tanúságtételével kapcsolatban. András és Péter nem bíznak meg a tanúságtételben, és Lévi (Máté apostol) az, aki megvédi Máriát.

Létezik egy olyan hagyomány, mely szerint Mária Magdolna (itt Betániai Máriával azonosítva) testvére Lázár és Maximilián, a hetvenkét tanítvány közül, csónakon utaztak a Mediterrán Tengeren, száműzetésbe vonultak a Szentföldön véghezvitt meghurcoltatások elől. Végül egy Sainte-Marie-de-la-Mer nevű helyen értek partot, Árles környékén. Később, Mária Magdolna Marseille-be utazott, ahonnan elindította Provence evangelizálását, ami után visszavonult egy barlangba, Saint-Baume-ban, Marseille környékén, ahol 30 évi önsanyargatásra ítélte magát. Eme tradíció szerint, mikor halálának órája elérkezett, az Angyalok Aix-de-Provence-ba vitték, Szent Maximilián oratóriumába, ahol megkapta a kenetet. Teste egy Maximilián által építtetett Vila Lata-i oratóriumba volt eltemetve, amely azóta Szent-Maximilián néven ismert.

Az első helyiség Franciaországban, melyről tudvalevő, hogy ott Mária Magdolnát imádták, a burgundiai Vezaley városa volt. A Vezelay-ben levő Mária Magdolna sírhoz való zarándoklatok tanúságai szerint az legalább az 1030-as évből való. Egy 1050 április 27.-i, IX. Leó pápa által kiadott bulla hivatalosan is Mária Magdolna védelme alá helyezte a Vezelay-i apátságot. Voragine-i Szent Ágoston utal a Szentföldi maradványainak sírjából az Aix-de Provence-ban lévő Szent Maximilián oratóriumból, a nemrég felszentelt Vezelay-i apátságba való hivatalos átviteléről, 771-ben. Ennek a legendának a Szent Maximiliánja egy olyan szereplő, akiben a történelmi Maximilián püspök vonásai azzal a Maximiliánéval vegyülnek, aki a legenda szerint, elkísérte Mária Magdolnát, Mártát és Lázárt, Provence-ba.

Egy későbbi kultusz, amely számos vándort vonzott, akkor kezdődött, amikor Mária Magdolna testét, 1279 szeptember 9.-én, Provence-ban, Sain-Maximilián-Saint-Baum-ban, az akkori Szálérnői herceg, az eljövendő II. Nápolyi Károly király hivatalosan bemutatta. Ezen a helyen fel lett építve egy nagy dominikánus kolostor, egyike Dél-Franciaország legfontosabb kolostorainak.

1600-ban, az állítólagos maradványok egy VIII.-ik Clement pápa által megrendelt síremlékbe lettek áthelyezve, de a fejet külön helyezték el, egy ereklyetartóba. A maradványokat a francia Forradalom idején megbecstelenítették. 1814-ben restaurálták a templomot, és visszatérhetett a Szent fej, melyet mai napig is ezen a helyen imádnak.

A gnosztikus és ezoterikus tradíciók arról szólnak, hogy Mária Magdolna a Názáreti Jézus felesége, érzelmi társa lett volna, azon kívül, hogy a Katolikus Egyház által féltve titkolt feminizmus jegye alatt álló keresztény tradíció örököse volt.

Utólag ezt a hozzáállást számos  regényíró használta fel, mint például: Peter Berling (A Grál fiai) és Dan Brown (A DaVinci kód, 2003), sok más író közül, a Merovingiai dinasztiát jelölve meg, mint állítólagos leszármazottakat.

Ezek a hozzáállások meghatározott érvekre alapszanak:

1. Több gnosztikus szöveg, úgy, mint például Fülöp Evangéliuma, azt mutatja, hogy Jézus kapcsolata Mária Magdolnával közelebbi volt, mint a többi tanítvánnyal, beleértve az Apostolokat. Konkrétan, Fülöp Evangéliuma Mária Magdolnáról úgy beszél, mint Jézus „társáról”. 
2. Ugyanez történik a Pistis Szófiában, amelyben a beszélgetések és kérdések, melyeket Mária Magdolna tesz fel a Mesternek, arról tanúskodnak, hogy az Apostolok közül ő volt a legközelebb álló és a legjobban hozzáértő, abban a Bölcsességben, amelyet átadtak nekik, és személyes szinten is, jó egyetértés volt köztük.
3. A Kanonikus Evangéliumokban, Mária Magdolna az az asszony, Jézus édesanyján kívül, aki a legtöbbször jelenik meg, és úgy van bemutatva, mint Jézus közeli követője. Jelenléte, olyan fontos jelenetekben, mint Jézus halála és feltámadása, azt sugallhatja, hogy házastársi szálak fűzték Hozzá.
4. Egy másik érvelés, amit előhoznak Jézus és Mária Magdolna közötti házasság eszméjének a védői, az, hogy ezen idők Palesztinájában ritka jelenség volt, hogy egy Jézus korában lévő zsidó férfi (olyan harminc év körüli), nőtlen marad, főleg akkor, amikor a tanításoknak szenteli magát, mint rabbi, mivel ez ellentétbe kerülne az isteni törvénnyel.
5. A spirituális fejlődés, amire Jézus utal a tanításában, és a szembeötlően szimbolikus részletek a Kanonikus és az Apokrif Evangéliumokból, amelyek világosan  alkímiai és kabbalisztikus jellegűek. Úgyszintén, könnyen kivehető, hogy a Mester ismerője volt az alkímia művészetének, és ezen művészet törvényeinek.
6. A következő mondat is, Tamás Evangéliumából, melyet már már előzőleg említettünk, felfedi az alkímia és a kabbala szerint, a köztük levő kapcsolatot:

Simon Péter mondta nekik: Bárcsak távozna Mária közülünk, mert az asszonyok nem méltóak az életre!” „Jézus mondta: Íme, én biztatni fogom őt, hogy férfiúvá teszem; hogy ő is élő szellemmé legyen, amely hozzátok, férfiakhoz hasonlít. Mert minden asszony, aki férfiúvá lesz, be fog menni a mennyek királyságába.

Mária Magdolna Evangéliumának neveznek egy olyan Apokrif Testamentumot, feltehetően a második századból, melyből napjainkra csak pár kivonat maradt meg.

Ebből az evangéliumból három részlet maradt meg: kettő túlságosan rövid, görög, III. századbeli kéziratok (a 463-as Rylands papirusz és a 3525-ös Oxirhyncus papirusz), és egy másik, terjedelmesebb részlet, kopt nyelven (Berolinensis Gnosticus, 8052,1), az eredeti görögnek egy lehetséges fordítása. A kopt szöveget 1876-ban találta meg C. Schmidt, bár csak 1955-ben lett kinyomtatva. A görög részletek 1938, illetve 1983-ban lettek kinyomtatva.

Ennek az evangéliumomnak egyik részletében sincs semmiféle jelölés a szerzőre. A hagyományos elnevezésév hagyományosan Mária Magdolna Evangéliuma, annak köszönhető, hogy a szöveg megemlíti Jézus egy Máriának nevezett tanítványát, amelyiket, a szakértők nagyrészt azzal a Mária Magdolnával azonosították, aki a Kanonikus Evangéliumokban jelenik meg.

Az írás nem lehet a III. századnál újabb, mivel a görög részletek ennek a kornak felelnek meg. A szöveg belső jellemzőit illetően, mint például a gnosztikus eszmék jelenléte, általában a II. századra jellemzőnek tekintik.

A kopt nyelven talált részletből, mely a legterjedelmesebb, több oldal hiányzik (konkrétan 1-6, és 11-14). Jézus (aki mint a „Megmentő” van említve) és tanítványai közti egyik párbeszédről van szó. Jézus elvesztése után az Apostolok tanácstalanok.

Ők, minden bizonysággal, el voltak szomorodva és keserűen sírtak, mondván: Hogy megyünk majd a tudósok elé és hogy hirdetjük az ember fiának az evangéliumát? Ha Őt nem vették számba, hogyan fognak minket számba venni?

Ekkor Mariam felállt, köszöntött mindenkit és így szólt testvéreihez: Ne sírjatok és ne szomorkodjatok, ne bizonytalankodjatok tovább, mivelhogy az Ő magasztossága rátok fog terjedni és meg fog védeni benneteket. Ennek előtte inkább dicsérjük az Ő magasztosságát, mivel felkészített minket és embert faragott belőlünk”. Ezeket mondván, Mariam jóra váltotta szívüket, és elkezdték (a Megmentő) szavait hirdetni.

Mária ekkor elbeszéli egy látomását és Jézussal való párbeszédét ebben a látomásban, teli a gnosztikus gondolkodás sajátos kifejezéseivel?. Mária tanúbizonysága ellenvetést kelt Andrásban és Péterben, akik kérdőre vonják a tényt, hogy Jézus elsőbbséget adott volna egy asszonynak, mint nekik, hogy titkos beavatásoknak tegye részessé. Kétségen kívül, Levi (Máté apostol) az, aki elhatározza hogy „Mária Evangéliumát” fogja hirdetni.

Olyan nézetek szerint, mint Karen King-é, a szöveg tanúságot ad a primitív keresztény közösségek között létező nézeteltérésekről, a protoortodoxok, Péter vezetése alatt, és a gnosztikusok között, akiket Mária Magdolna képvisel. Egy hasonló vita szerepel más gnosztikus szövegekben, mint például Tamás Evangéliumában, a Pistis Sópiában, vagy Az egyiptomiak Kopt Evangéliumában. Ezenfelül, ezzel a szöveggel egyetemben, Mária Magdolna lett volna Jézus titkos tanításainak az öröklője, és kiemelkedő szerepe lett volna a feltámadás-utáni keresztény gyülekezetek körében.

Egyes azonosságok észlelhetőek eme evangéliumomban terjesztett eszmék, és a keleti vallások között, úgy, mint a taoizmus és a buddhizmus.

Mária Magdolnát hivatalosan, mint Szent Mária Magdolnát tisztelik. Több Templom is van a világon melyet ennek a Katolikus Szentnek szenteltek fel.

Miközben a keleti kereszténység Mária Magdolnát Jézushoz való közelsége miatt tiszteli, „egyenlőnek tekintve őt az Apostolokkal”, nyugaton elterjedt, más evangéliumokban szereplő asszonyokkal való azonosítása miatt (lásd feljebb), az a felfogás, hogy mielőtt Jézust megismerte volna, a prostitúciónak szentelte magát.

Ez a felfogás elsősorban abból ered, mikor Máriával azonosították, a bűnös asszonnyal (Luk.7:36-50), melyről csakis azt állítják, hogy bűnbe esett, és, hogy nagy volt a szeretete. Másodszor, abban az utalásban (Lukács, 8:2), ezúttal nyíltan Mária Magdolnára utalva, az szerepel, hogy belőle „hét démon szállt ki”. Mint látható, semmi sem enged arra következtetni, ezekben az evangéliumi részletekben, hogy Mária Magdolna a prostitúciónak szentelte volna magát.

Nem lehet pontosan tudni mikor kezdődött Mária Magdolna azonosítása Betániai Máriával, és a bűnös asszonnyal (Luk.7:36-50), viszont már egy Nagy Gergely pápa (meghalt 591-ben) által tartott misében kétségkívül kimutatható ennek a három asszonynak az egyként való azonosítása, és Mária Magdolna, mint bűnbánó prostituált van bemutatva. Ezért van az, hogy az későbbi legenda szerint élete további részét egy barlangban tölti, a pusztaságban, bűnbánatot gyakorolva és húsát kínozva; nyugaton gyakoriak a „bűnbánó Magdolna” ilyen ábrázolásai.

Mária Magdolna ábrázolása, mint bűnbánó, szintén összetéveszthető, az egyiptomi Mária tradíciónak köszönhetően. Egy V. századi Szent, Vőragínéi Jakabnak „A Szentek Élete” című írása szerint, a prostitúciónak szentelte magát és ezután a pusztaságba vonult vissza, hogy bűneit jóvátegye. Megszokott Egyiptomi Mária ábrázolásokat látni a hosszú hajával, mely testét fedi, vagy tüskékkel körbevonva, a pusztába való bűnbánásának jelképeként. Ezek a jellemzők néha Mária Magdolnát kísérik. Ez tény az, ami a két szent összetévesztéséhez vezethet.

A katolikus hagyományban viszont Mária Magdolna egy másodrendű szereplővé vált, az evangéliumokban megjelenő tagadhatatlan fontossága ellenére. A háttérbeszorítás, amit Mária Magdolna elszenvedett, egyes szerzők szerint kapcsolatban van a nők másodrendű egyházi szerepével.

1969-ben, a Katolikus Egyház visszavonta a „bűnbánó” megnevezést, melyet hagyományosan Mária Magdolnának adtak. Szintén ezután elmaradt Mária Magdolna imádatának miséjében a Lukács evangéliumából (Luk.7:36-50) való felolvasás gyakorlata, ami a bűnös asszonyra vonatkozik. Eme dátum óta a Katolikus Egyház elhagyta Mária Magdolna bűnbánó prostituáltként való megítélését. Kétségkívül, ez az álláspont továbbra is domináns marad sok katolikus számára.

Mária Magdolna volt a Katolikus Egyház legkiemelkedőbb misztikusainak ihlető forrása, a Gyermek-Jézus Teréznek, aki csodálója volt ennek a mély szeretetnek, mely le van írva az evangéliumokban, melyekben Mária Magdolna eldönti, hogy szolgálni fogja a szeretett Lényt. Éppúgy Teréz is elhatározta, hogy annak szenteli életét, akit a legjobban szeret: a Názáreti Jézusnak (cf. LT Szent Teréz). 1894-ben ezt írta: „Jézus megvédett minket, Mária Magdolna személyében.”

Egy másik kiemelkedő katolikus misztikus, aki Mária Magdolnában talált ihletet és megnyugvást, az egyház doktoraként kitüntetett Avilai Teréz, aki arról tesz említést, hogy szellemi segítséget kapott Magdolnától. Avilai Szent Teréz.